Действие Arknights происходит в антиутопическом научно-фантастическом мире под названием Терра, где его обитателям своиственны кемономические черты животных или мифологических рас. Регулярные природные бедствия на планете, названные Катастрофами из-за их разрушительности, оставляют после себя ценный минерал — ориджиниум, который заражает жителей прогрессирующей болезнью — орипатией, но также позволяет им пользоваться магическими способностями, известными как искусства. Из-за стопроцентной смертности и высокой заразности болезни враждебность по отношению к зараженным стала распространённым явлением, что привело к их массовому карантину и изгнанию правительствами всего мира, а также к возникновению напряженности между инфицированными и неинфицированными жителями. В центре сюжета — фармацевтическая компания «Остров Родос», основные цели которой: не допустить притеснения зараженных и создание лекарства от этой ужасной болезни.