После ядерной катастрофы, подобно многим другим странам, Япония превратилась в пустыню, и выжившие люди живут в бедности в своих редких поселениях. «Пустынная крыса» рассказывает о приключениях сталкера по имени Канта Мидзуно, прозванного «Пустынник» или «Демон Пустыни» предположительно из-за его невероятных подвигов и мастерства, но на самом деле он сам распускает подобные слухи о себе. У него два основных интереса в жизни — работа наёмника-одиночки и пышногрудые красотки. По ходу повествования он приобретает ученика и несколько друзей, а также наживает врагов.