Продолжение сериала про капитана Харлока, снятого в 1978 году. Легендарный пират капитан Харлок исчез много лет назад, а его команда разбрелась по галактике... Но мир и покой не продлился долго - на планете К12 группа считавшихся погибшими учёных убивает профессора Дайбу и пытается убить его сына Тадаши, но им мешает вернувшийся из ниоткуда капитан Харлок. Однако враг не успокаивается, и вот - Земля, родина человечества, бесследно исчезает! Харлоку приходится отправиться в новое путешествие и он собирает свою команду, чтобы противостоять Нуу, древним демонам, стремящимся вновь захватить власть во всей галактике.