Сюжет «Пингвинов из Мадагаскара» строится вокруг самопровозглашённых коммандос Ковальски, Шкипера, Рико и Рядового, выполняющих ежедневные сверхсекретные операции на территории нью-йоркского зоопарка, иногда пробираясь в метро и подземные коммуникации.