Еще одно дополнение к франшизе «Призрак в доспехах», рассказывающее о появлении Девятого отдела МВД Японии. Отдел занимается различного рода расследованиями, которые не под силу вести полиции. Мотоко Кусанаги — майор, в детстве перенесшая многочисленные операции по кибернетизации тела и ставшая полноценным киборгом — оказывается под командованием Дайсукэ Арамаки, чтобы расследовать дело о взрыве бомбы. Однако помимо нее, Арамаки привлек к делу еще одного подозрительного человека, ветерана и экс-рэйнджера, по чьей вине случилось множество различных кровавых конфликтов в Южной Америке — Бато, и детектива Тогуса. Это послужило началу формирования Девятого отдела. Вместе эта троица должна дать отпор всем террористам.