История разворачивается в далёком будущем, где высокие технологии являются частью повседневной жизни и где их используют даже для карточных дуэлей. Главный герой Юма Цукумо мечтает стать чемпионом «Дуэльных монстров», однако сам является всего лишь новичком, не обладающим никакой тактикой или стратегией. Однажды он бросил вызов местному чемпиону Рёге Камисиро, но во время их дуэли рядом с Юмой появился загадочный призрак без воспоминаний — Астрал. Он объяснил, что его воспоминания были разделены на девяносто девять иксиз-карт, названных «Номерами». Теперь цель главного героя не только достичь высот в «Дуэльных монстрах», но и помочь загадочному призраку-дуэлянту вернуть память.