В каждом человеке живёт цветок сердца, который связан с Деревом Сердец. Защищают это дерево от Пустынных Апостолов, планирующих превратить мир в пустыню, легендарные воительницы Pretty Сure. Однако одна из защитниц, Кюа Мунлайт, терпит поражение в бою, и дерево теряет свои цветы. Две феи Шиппуре и Коффуре отправляются на Землю, чтобы найти других легендарных воительниц. Там они встречают Цубоми Ханасаки, застенчивую девушку, любящую цветы, которая только переехала в новый город со своей семьёй. Вместе со своей новой подругой, Эрикой Куруми, они становятся Pretty Cure и сражаются с Пустынными Апостолами, которые преобразуют увядшие сердца людей в монстров Дезатории. После победы над каждым монстром воительницы получают Семена Сердец, которые должны помочь восстановиться Дереву Сердец.