Война против империи Иллюмидус, порабощающей и уничтожающей все на своем пути обитаемые планеты, окончательно проиграна — Земля полностью перешла в подчинение инопланетных захватчиков. Харлок и все его соратники объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Однако Иллюмидус на этом не остановились. Харлок, Точиро и Эмеральда, под кодовыми номерами: S – 00999, S – 00998, X – 00001, объявлены в розыск. Пытаясь сражаться уже не только против Иллюмидуса, но и со множеством людей, желающих получить вознаграждение за головы разыскиваемых преступников, единственные защитники Земли продолжают свой путь.