Прошло 4000 лет с тех пор как человечество оставило колыбель цивилизации, планету Землю. Окруженные враждебными Gnosis, человечество пытается найти способы победить угрозу их существованию. Развитие KOS-MOS (специализированный андроид с удивительными способностями) инженером Shion Uzuki было откликом на угрозу. Но когда их судно разрушили Gnosis, Shion и ее товарищи оказываются в центре сражения...