Сюжет разворачивается с окончания фильма 1998 года — Годзилла сын Бога, названый в его честь. Доктор Ник Татополос предупреждает военных о том, что несколько яиц, отложенных Годзиллой, могли уцелеть. Одно яйцо уцелело, и из него вылупляется детёныш. Маленький Годзилла быстро растёт и достигает крупных размеров.