Сюжет аниме «Код Люгера 1951» переносит зрителей в альтернативный послевоенный мир, где живёт семнадцатилетний Теста Лиелбелль. Он, несмотря на столь юный возраст, имеет незаурядный и действительно гениальный ум, благодаря которому занимает должность профессора в университете. Однажды к парню с просьбой обращается старший товарищ Алекс Росс, с которым главный герой когда-то вместе жил и учился в школе-интернате. Он просит Теста стать членом Союзного департамента криптоанализа. Всё дело в том, что оборотни в волчьих обличьях придумали очень сложный шифр, позволяющий им вести переговоры и вредить людям. Лиелбелль соглашается помочь департаменту, однако даже он не может взломать шифр, поскольку оборотни общаются с помощью волчьего воя. Юный гений считает, что для решения этой неординарной задачи нужно захватить в плен оборотня и заставить его поделиться основными данными.