Человечество практически уничтожено негуманоидной расой, названной Гауна. Оставшиеся в живых люди сбежали с родной Земли на кораблях-гигантах «Сидония». Изредка останавливаясь запастись ресурсами, корабли путешествуют по космосу в поисках нового дома. Однако угроза нападения чужеродной расы все так же висит над выжившими и ученые разработали специальные средства борьбы с неприятелем, а военные освоили их. Нагатэ Таникадзэ провел свою жизнь на нижних уровнях одного из космических кораблей, практически не контактируя с другими людьми, находясь лишь под опекой Хироки Сайто, называющего себя дедом Нагатэ. Смерть родственника и голод выгнали юношу из подземелья, и теперь навыки пилотирования, усвоенные им на старом имитационном тренажере, помогут всей «Сидонии» в борьбе с беспощадными Гауна.